Affymetrix公司研制了全球首张基因芯片，发表顶级杂志最好最多，最受国际认可，市场份额最高，是最知名的芯片公司。

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连锁分析芯片是进行疾病连锁分析的最佳工具，可以从家系基因型表现型和单基因型连锁不平衡中发现连锁关系。人类连锁分析芯片实验表明其成功率为99.8%，重复性>99.9%。

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小鼠全转录本表达谱芯片，约有4个探针来针对每个外显子 / 约有40个探针来针对每个基因，覆盖经验性及预测的外显子序列，约1000000个外显子。可用于基因表达和可变剪切分析。

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肿瘤转移PCRArray可以同时检测已知的参与肿瘤转移的84个基因的表达。芯片所选的基因编码以下几类蛋白因子：细胞黏附、ECM成分、细胞周期、细胞生长和增殖、凋亡、转录因子和调节子以及其他一些转移相关因子。

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大鼠全转录本表达谱芯片，约有4个探针来针对每个外显子 / 约有40个探针来针对每个基因，覆盖经验性及预测的外显子序列，约850000个外显子。可用于基因表达和可变剪切分析。

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人启动子ChIP-chip芯片,人启动子区域染色质免疫共沉淀芯片，3×720KHuman ChIP-chip 3x720K RefSeq Promoter Array

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细胞周期功能分类芯片，支持添加自选基因

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